某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物溘然现身，紧接着，一艘庞大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一路消失在了空中…

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的庞大生物与戎行交火。危机之下，特务机关NERV的葛成美…

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与戎行交火。危机之下，特务机关NERV的葛成美…

在参拜母亲宅兆的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的进犯，环节时刻2号机所向无敌挫败敌手，真嗣也由此结识了2号机的操作者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波…

14年前，初号机疑似神化第一形状的觉醒带来近三冲击，使世界产生史无前例的剧变。在此以后，葛城美里（三石琴乃配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子配音）和真里（坂本真绫配音）夺回被封印…

黑暗女王新生篇阿兔她们曾经升上高中了，阿兔,亚美,真琴,美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音叫醒，那人替她解除封印，并煽动她的冤仇情感，使她对美少女兵士作出报复。她派出镜之舞孃袭击兵士…

有一晚，豆钉兔在梦中来到一个森林，在森林中的湖上，她见到纯白色,有角和翼的独角天马。日全蚀的那一天，一座神秘的马戏团突如其来。以后不久，一班专门袭击拥有美丽梦想的敌人出现了，他们是阿玛逊三重奏--老虎眼,秃鹰眼,美鱼眼。敌人…

，在银水晶的赞助下新生，但是他们曾经损失过去作战时的记忆，重新起头普通的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎,银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎…