联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一路谋杀案的首要嫌疑人，谋杀案涉及一位与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他独一要证明自己清白的人，因为下级官员试图让他闭嘴，独一的线索就是一个神秘的老太婆。

对Jeremiah Smith的延续搜索致使Scully发明了加密的数据文件，这些文件的目的还不清楚。杰里米被一个不为人知的刺客紧紧地追捕，带着穆德到加拿大农村一个荒僻罕见的农场，而穿西装的男人决议了穆德夫人的命运。

到这季起头时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为过分偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。第四时还是过去一贯的风格，但进入了许多穆德、史考莉的小我生活。在该季中，“黑油”“天花蜂”的出现使有关“真相”的调查…

沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了人命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包孕了湖中水怪、能掌握人认识的神经病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体尝试等等。

1957年某晚，栖身在美国加州莫哈维沙漠小镇中的天文学家泰德刘易斯博士（艾瑞克麦柯马克 Eric McGormack 饰）正为爱妻拉娜（乔蒂搠湬森 Jody Thompson 饰）预备结婚周年纪念的烧烤晚餐，突然发明一颗流星突如其来坠毁在不远处的小山坡上…