「ガッチャマン」こと鷲尾健は、ギャラクターに乗っ取られた原子力空母を追っていた。しかし、あと一歩のところで現れた謎の敵と一戦を交えることとなったうえ、突然謎の光に包まれてしまう。 渋谷では、冷めた性情で退屈な日々を過…

故事開始前的十年前，在天才科學家基奧羅古（ゲオルク·ララーシュタイン）處，學習機器野生學的嵐田陽一郎，知道了基奧羅古征服世界的野心，於是自己炸毀了完成的馬赫男爵後離去，後與妃耦一路被殺害。陽一郎在死前把馬赫男爵的設計圖交…

由于大彗星接近地球，致使地壳发生猛烈变更，使得残存于地底下的恐龙族群再度出现于地表之上。可是不稳定的气候突变与布满野心的盗猎者，却让这些重见天日的恐龙们再度面临灭绝的处境；为了珍爱这些野生的恐龙，“国际自然珍爱联盟”特地…