突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与戎行交火。危机之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…

人类诡计点窜植物的遗传因子，以此达到掌握植物的目的，而计划失败，树木则渐渐发生了思惟，起头了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德…

故事产生在未来，由于来自月面的树木化成的怪物的袭击，那时的地球曾经变得一片荒凉，人们不能不与森林配合生活，而且建立起了敌对的关系。但是本片主角阿基多所栖身的中立都市则一向追求着与森林共存的方法。在某一天，前去封禁之泉取水…