1995年，离岛、神隐岛全数800过剩名岛民一夜之间全数神秘消失，只留下一个损失记忆的少女。四年后，16岁少女玛丽离开了祖母进入私立寄宿制女子高中－－海凰学园，在去黉舍的途中，她看到了一名鹄立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地…

神秘的怪兽突然出如今当代并袭击人类，而人类只能被它们尽情翻弄，为了查明真相，科学家番场宗介以“影鳄”这一环节字起头了追寻……