一名年轻的工夫高手预备在加勒比海的岛屿上睁开巡回赛，他将在那里遇到十年前杀害他父亲的一个恐怖份子。

故事产生在战国期间，诞生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰），肩负着父母的期望进入了一流忍者黉舍——忍术学园——进修。该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗 饰）创建，现在他虽年事已高，却仍然武功高超，而且…

本片讲述了四只忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，并联手匹敌最劲敌人的故事。达伦·克里斯配音忍者神龟拉斐尔，SNL的凯尔·穆尼配音米开畅基罗，特洛伊·贝克配音蝙蝠侠和小丑，蕾切尔·布鲁姆配音蝙蝠少女，布莱恩·乔治配音管家阿尔佛雷德…

ときは戦国時代(せんごくじだい)。 先祖(せんぞ)だいだい、ヒラ忍者(にんじゃ)の家に生まれた 乱太郎(らんたろう)は、一流(いちりゅう)の忍者になってほしいという 両親(りょうしん)のきたいをむねに、 忍術学園(にんじゅつがくえん)に…