心中怀着新的理想离别了合众处所的伙伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦巨匠的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯处所，在卡洛斯处所与新认识的观光伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻觅新的宝可梦以及新的邂逅的道路…

小智和皮卡丘等人的冒险仍在继续，传说中的宝可梦隐藏的奥秘阻挡在他们前的阿兰和神秘的组织的目标究竟是甚么？最大的危急到来！

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击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为方针向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·焦点）及为其方针而行动的神秘整体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间产生…