《船来船往》是一部以金厦等地的小三通为时代背景，以直航码头边的私家旅店老榕树客栈为主题情形空间，以客栈主人和形形色色差别身份的佃农为首要人物关系，讲述了两岸群众同根同源，血肉相亲的感人故事。

福建沿海的一个美丽城市，一家小客栈借着政府鼓励的小三通的春风，生意办得红红火火。小客栈在为两岸的人们提供着便当的同时，也产生了良多动人的故事。客栈的主人蔡金龙是昔时金门战役的老兵，尽力经营着一家客栈，并有意让自己的儿子蔡…