故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三…

少女兵士法尼娅遇到了名为导师的失忆少年，两人配合睁开旅程，逐渐揭开仇敌异生体的秘密。与此同时也发明了某个神秘权势隐藏在这以后想要操控少女兵士斯露德的人生。她们决议奋起反抗，净化地盘，夺回天空，夺回人类的生存空间。