《终极试验鲸鱼》的主人公长远寺睦是巡回马戏团的一员，某日他们来到了天空中有鲸鱼游弋的城市，而他在鲸鱼之丘上遇见了神秘的鲸鱼少女的故事，随着美少女们一个个登场主角长远寺睦也起头劳碌起来。但这个城市背后到底有着甚么故事呢？