本剧叙述本来只对三叔经历感兴趣的吴邪历险归来后收到神秘录像带，发现自己被卷进一场阴谋中。他孤身探险格尔木疗养院，遇见张起灵等人，组成六人小队结伴而行。在西王母宫中意外发现神秘陨玉，却不想这时三叔忽然失联、张起灵失忆；为协助张起灵找寻记忆，大伙一起探索，发现张家古楼正是关键所在，却由于裘德考势力的干预不得而终。霍老太忽然出面与吴邪等人携手，复制当年九门的联合行动再次去张家古楼探索真相，不意在行动中突发意外，大伙深陷危机。至此谜团未解，多方势力失衡，吴邪被迫戴上面具假装成三叔。
本剧以原著小说4本书的内容改编精简为36集，以其高度还原原著名场面引起原著粉及观众们的津津有味。北京电影学院影视实验中间教师罗梦舟指出，《终极笔记》真正实现了剧情环环相扣不注水，是行业致力打造短剧集的精品佳作，也为行业IP改编剧树立了一个良好的标杆。本剧的青春探险故事、紧凑的悬疑剧情也引发了广大观众纷纷给制作团队留言催更。
