奇鱼县渔女阿狸被选做海神新娘海祭,随船赶到海岛。与海神成亲后,阿狸竟发觉丈夫海神焱是一个半兽人,后来误进密室,发现了冰棺新娘的秘密。离群索居的阿狸整日在海边与一只可以幻化成人形的大鱼为伴,时间久了,两人相爱。阿狸怀孕后被焱囚禁,海大鱼却不知其踪;侍女海芙蓉自动开启囚室,救走阿狸,不曾想,在等待她的,却是一场密谋已久的诡计。
在此电影中,“鲲”的鱼人形象类似以前迪士尼动画片《美女与野兽》中的野兽,尽管外表是兽的模样,但是会说人话,也会有人的情感,除了比较易怒、脾气很差以外,似乎没有甚么和人类纷歧样。而对比《水形物语》,那个鱼人则不会说人话,只能用眼神和动作进行交换,很难被人接受。在《海大鱼》中为了给鱼人一个更接近人类的身份,特地将之神化,其实在电影中多次提到“鲲”的真实身份不是神,它是一种妖,因为捉妖师手中的上古神器是用来解除“妖”施下的法术的,而“鲲”的冷冻术正好可以被这盏灯所破解,因此我们也更为确认了“鲲”的身份是一只妖。