只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一位同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不但性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。谜团重重的黑衣组织……他所领会的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了。
因为漫画开始连载没有经过多久就播出了动画，为了不追上原著进度，动画从一开始就加入了原创剧情。最初的动画原创集——第6集《情人节杀人事务》中青山刚昌对剧本进行了详细的检查，后续的原创剧集则交给了动画团队。制片人拟定了一套固定的格式，例如开头的旁白和“下集柯南提示”等 。由于未曾预料到技术的飞速进步，动画创作之初角色使用的都是翻盖手机。后来作品中则出现了智能手机。
