在第一季中，联邦调查局特别探员史考莉被调入和另一特别探员穆德一同办理X档案。穆德因其妹萨蔓莎幼年失踪，怀疑是被外星人绑架而对研究外星人发生兴趣，政府高层害怕真相的揭露而又不敢动作过大，因而希望借史考莉的科学观点把穆德拉回支流。结果是，史考莉也陷入其中而不行自拔。本季内容除了外星人，还有不成解释的自然现象、基因突变的怪兽、古老的咒语与传说。本季结束于X档案的调查被终结。
在第九季中，外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》里，穆德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是穆德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道格特、史考莉、斯金纳、雷耶斯、斯班德、加布森等人用尽办法证明穆德的清白，但审判是不公正的，穆德将被执行死刑。道格特和斯金纳等人来到了监狱营救穆德，与此同时超级战士也来了，但是穆德他们早一步逃出了监狱。接着穆德和史考莉两人一路开车去找寻真相，证明外星人的阴谋。他们找到了给穆德提供线报的人，穆德告诉史考莉原来由于势力衰微无法组织有效进攻而诡计暗中控制政府以逐步殖民的外星人由于计划屡屡受搓，将于2012年12月22日利用混入政府的超级战士进行背注一掷的殖民入侵。
