高中生侦探工藤新一和两小无猜的同学毛利兰一同去游乐土玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一位同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了。如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不但性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了。
在持续看了10周漫画原著后，诹访道彦决定做一部改编动画。为了让动画从一开始就是解谜故事，同时由于作品播出时通常为观众用餐时段，动画在台词中以“遗体”代替了“尸体”，将血液颜色绘制为黑色，并回避了用刀刺伤或用子弹击中受害者的场景。因为该动画并不是要表现犯罪本身，所以在播出两三年后就不再使用“杀人事件”作为剧集标题。
