讲述了941年上海，混迹江湖靠贩卖情报为生的街头小混混陈山因长相酷似军统特工肖正国，被日本梅机关特务头子荒木惟意外看中，从此卷入一场腥风血雨的地下战争。荒木惟挟持了他的妹妹陈夏，逼迫陈山成为日本间谍。为了营救妹妹，具有特工天赋的他只能接受秘密特训，冒名顶替肖正国前往重庆潜伏到军统内部，准备窃取重要情报。潜伏生涯惊心动魄，然而作为一个中国人，陈山并不想真的背叛祖国，在共产党员张离和钱时英对他的不断影响下，陈山逐渐成长，毅然站到了抗日的阵营。之后，为粉碎日寇阴谋，陈山和张离冒着生命危险再次回到上海，反潜伏进入汪伪特工总部，他们一次次通力进行，背信弃义，在与敌人的斗智斗勇中，陈山最终树立了信仰，成长为了一位真实的战士，并成功粉碎了侵略者的险恶阴谋。
《谍战深海之惊蛰》颇具戏剧冲突感，作为三面间谍的陈山时刻游走于日方特务、军统、中共地下党三大阵营之间，这样的设计使得情节更具多元，角色的紧迫感能够时时带动观众的紧张感，让观众沉浸其中。
