简介：故事延续上一集的剧情，机械雄师正在集中全力预备入侵隐藏在地底的人类最初都市锡安，另一方面，锡安的群众相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机械之间的战争，可是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦乡所苦恼。母体发明人类最初的碉堡城市锡安原来藏在接近地球焦点的深处，而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡逻舰大举进攻。他们的独一进展就是找到一位被称为“环节人物”的神秘人物，而他则是遭到一对耍弹簧刀的大 坏 蛋“双胞胎”看守，这对白子双胞胎杀手拥有如鬼魂般的隐形能力。 肩负维系人类生死的重要使命，尼欧将会遇到更大的阻挠与挫折，他想象不到的命运选择也阻挡在他的面前。一切正如先知所说的，你不是来这里做选择，你早曾经作出选择了，你只是来这里领会自己为何会做出这样的决议。 万一他选错了呢？……
