简介：面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思惟却意外分手，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不能不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一路寻觅他。一场大战以后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知以后一无所得……锡安的大势越来越危险，议员及指挥官相继阵亡，机器的攻击却涓滴没有由于人类的反抗而削弱。此时，被叛徒射瞎双眼的尼奥，依然想通过进展去实现预言。这时，特工史姑娘控制了先知，并变得越来越壮大，威逼到了整个“母体”的稳定。在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的配合好处，去消灭史姑娘。因而，“母体”又面临着一次天翻地覆的“重载”……
