简介：高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的气力——只有是异能之力，就连神的加护都能消除的“空想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着布满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时突如其来的纯白修女而产生了庞大的转变。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各类各样的事务当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝联系关系的“魔法”侧两边的事务过程当中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在照应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。可是，为了与突然开始对峙的世界转变相抗争，那些由于上条的关系，而任务运大为改变的“英雄”们不竭地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也自告奋勇与世界僵持。 科学与魔法第三次交叉之时，故事将大幅推进！！
